Čest problem na koji se nailazi u brojnim Gradovima i Opštinama u kojima se realizuje projekat „Čista Srbija“ jeste nelegalno izgradjena kanalizacija koju su sami meštani gradili bez potrebnih dozvola i saglasnosti. Nestručno izvedeni radovi koje su nekada izvodili meštani onemogućili su samo funkcionisanje kanalizacione mreže, a vrlo često tako uradjeni odvodi završavaju u obalama, rekama ili pored samog puta i ulica što zdravstveno ugrožava lokalno stanovništvo i lokalni biodiverzitet pa su česti ekološki akcidenti.
Samo jedan od primera ilegalno izgradjene kanalizacione mreže od strane samih meštana je i Dubravska ulica u Ilićevu u Kragujevcu. Ovaj problem trenutno se rešava, a grad Subotica tokom prethodnih godina aktivno se bavio rešavanjem problema nelagalnih priključaka i izgradnje dajući svojevremeno mogućnost gradjanima da smi prijave izvedene radove do odredjenog roka.
Ilegalni priključci sa neodgovarajućim profilima cevi, nestručno uradjeni spojevi, nepostojanje šahti, često su uzrok pucanja cevi što dovodi i do izlivanja fekalija na same ulice, a neretko dovode i do pucanja sloja asfalta ukoliko postoji, što stvara dodatne probleme.
Nelegalne kanalizacione mreže su posledica ranijeg perioda intenzivne gradnje bez dozvola i saglasnosti, a ne treba zaboraviti činjenicu da su takvi radovi suprotni važećim zakonima i strogo kažnjivi. Da bi neko bio legalno priključen na vodovodnu i kanalizacionu mrežu neophodno je pre svega da postoji izgrađena legalna vodovodna i kanalizaciona mreža na koju se objekat može priključiti, kao i da objekat koji se priključuje bude legalan.
Ovakva situacija gde je gradjanima očito neophodna kanalizaciona infrastruktura, a godinama je nije bilo, neminovno ukazuje na neophodnost rešavanja problema odvodjenja otpadnih voda i potom njihovo prečišćavanje što i jeste ključni cilj projekta „Čista Srbija“. Gradjani ne samo da na ovaj način rešavaju ključne probleme već se sami radovi izvode u skladu sa zakonima i važećim propisima.
Drugi veliki problem jesu nerešeni imovinsko pravni odnosi medju samim vlasnicima ili pak u odnosu lokalne samouprave – privatni vlasnici. Brojne ulice u gradovima Srbije, koje gradjani predlažu lokalnim samoupravama za izgradnju kanalizacione mreže su u privatnom su vlasništvu . Ovakve situacije neretko dovode do zastoja u radovima ili koče sam početak radova. Rešavanje imovinsko pravnih odnosa je zadatak lokalnih samouprava.
